Digital Drosophila Archive
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# Phase 4AG：独立动力学分支的正式结果
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更新：2026-09-30。实验：`phase4ag-author-apl-r2`；模型：`author-apl-lab-v2`；Git 分支：`codex/lif-author-semantics-lab`。
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## 结论
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正式状态：**FAIL-FIXED-CAL-REPRESENTATION**。
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本轮完成作者 float64 LIF 与冻结旧 float32 graded APL 的显式组合测试。数值一致性、数据完整性和精确重复检查通过；固定 CAL 的完整原门槛未通过。没有训练，没有新学习候选，不升级原 reference/runtime，也不修改旧模型。
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两种输入模式唯一未达标条件都是 KC 平均活跃比例低于预先固定的 3%–9%。这不证明约 1.2% 的活跃比例在生物学上错误，也不能据此认定 APL 是原因。
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## 固定 CAL：60 次基础运行及 12 次重复
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使用原 6 个 CAL 气味、原 5 个 seed、两种输入模式，每次 100 ms；每个气味/模式首个 seed 再运行一次。未读取 held-out 动态结果，未做正式 A/B conditioning。
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| 指标 | physiological | matched_energy |
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| --- | ---: | ---: |
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| KC 平均活跃比例 | 1.271325% | 1.233596% |
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| 单次最少/最多活跃 KC（共 4,064） | 38 / 79 | 36 / 72 |
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| 同气味跨 seed 平均 Jaccard | 0.509072 | 0.516431 |
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| 不同气味同 seed 平均 Jaccard | 0.460955 | 0.481702 |
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| 同气味平均欧氏距离 | 5.811443 | 5.671828 |
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| 不同气味平均欧氏距离 | 6.205091 | 5.932021 |
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| 成对距离判据通过数 | 12 / 15 | 13 / 15 |
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| 完整原 CAL 门槛 | FAIL | FAIL |
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其余原条件全部通过：单次最小活跃比例大于零、最大值小于 50%、同气味 Jaccard 大于不同气味、不同气味欧氏距离大于同气味、至少 3 对气味满足原成对距离判据。该判据使用每对气味自己的 20 项 within 距离与 5 项 same-seed between 距离，不是全气味混合基线。
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60/60 基础运行完整、有限；12/12 重复的事件、状态、逐 tick 哈希、APL 轨迹、请求及队列均精确一致。未见 NaN/Inf。12/15 和 13/15 不是学习成功率、统计显著性或 held-out 泛化结论。
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matched-energy 保持原冻结 12 气味静态 panel 中位数及原随机输入算法；它匹配期望输入量，不保证每次随机运行实际接受事件相等。其期望事件数 CV 约 6.48e-8，实际接受事件 CV 为 0.134355；不得称作实际输入事件数严格匹配实验。
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## 数值证据与完整性
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- 8 个固定真实诱导子图场景，各 3 次 GPU 和 1 次 Brian 闭环对照；16 个 GPU 重复比较通过。
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- 两个预指定完整全图 100 ms probe，逐 tick 的 v/g/ref、放电事件、请求、延迟队列及 APL drive/state/h 精确一致。
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- 10 组原 APL AST 组件重放/误差审计通过。两个 Python 环境分别通过 29 项协议/汇总/解释器入口单元测试。
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- 全图保留 166,700 神经元、25,582,938 条边，原始 contact weight sum 为 124,177,617；原始磁盘 CSR 不改。
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- 原 230,239 项冻结清单及后续已封存目录全部校验通过；旧五组 deterministic-v2 参考的事件、计数、最终 v/g 再次精确通过。
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- 新 r2 模型 17 项、新实验 1,718 项已封存并再次验证。实验封存前 payload 为 2,956,599,228 字节（约 2.75 GiB）。
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Brian 独立推进 LIF，但 APL worker 与候选共享 APL 算术组件；AST 重放也使用相同底层 Torch/CUDA 原语。因此是“共享 APL 组件的闭环对照”，不是全部组件独立的 CPU oracle，也不是任意输入/长期全脑普遍等价证明。float64 误差测量不反馈到模型。
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诊断包含逐步 CPU 同步、哈希、IPC 和保存，耗时不代表正式 runtime 性能；没有由本轮产生新的实时运行候选。
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## 已声明的假设与保留的问题
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APL 保留旧 float32 矩阵、tau=20 ms、gain=0.01、normalization=1；LIF 为作者 float64 语义。APL 在 reset 后的 end 阶段无条件写入 KC g，包括不应期，先拓宽 float64 再由 mV 转 SI。作者核心在不应期冻结 g，与末尾 APL 写入结合可能产生累积，但本轮尚未定位低 KC 覆盖率的原因。
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旧 APL 规则在独立运行的内存权重副本中关闭 5,845 条 fast APL 出边，只向 KC 提供 graded 替代。其中 1,212 条非 KC 边（13,712 contacts）未获替代。该覆盖缺口原样披露，不静默恢复边或修改归一化。新分支不是作者原始完整模型的严格复现。
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首次 v1 因虚拟环境 Python 符号链接被错误解析到系统解释器而在首个 Brian tick 前中止，正式保存为 `INCOMPLETE-NUMERICAL-EXECUTION`。r2 只修执行入口及检查，另建目录从头运行；全部 68 组输入请求与 v1 一致。失败代码、日志和结果保留，没有覆盖或删除。
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## 下一步：先解释失败，不追逐通过率
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只用现有 60 次 CAL 的记录，先登记一份只读影子记账诊断：
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1. 分解请求数、实际接受量和 PN 实际放电。
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2. 按真实边及 18-step delay 重建 PN→KC 兴奋性投递、拒绝、不应期和 reset。
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3. 区分活跃/静默 KC，审计 APL 写入时相、累积量与 g 的关系。
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4. 先验证重建与已保存事件/最终状态一致，再讨论机制；不足以重建的证据明确标记缺失。
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这不是一次新脑模拟或参数搜索。不改 gain、刺激、阈值、APL 参数、mask 或通过条件；不以本次 CAL 选择后续最佳参数。任何新的动力学假设须另立协议和目录。表征、独立 seed/新气味、信用分配、隔离功能及全脑功能检查通过之后，才有条件进入真正学习验证。
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## 封存与证据入口
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- [正式 r2 报告](phase4ag-author-apl-r2.md)
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- [原始最终状态](../../registry/phase4ag-author-apl-r2/evidence/audit/final-status.json)
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- [CAL 原始汇总](../../registry/phase4ag-author-apl-r2/evidence/calibration/summary.json)
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- [旧数据完整性](../../registry/phase4ag-author-apl-r2/evidence/regression/old-integrity-after.json)
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- [旧五组参考回归](../../registry/phase4ag-author-apl-r2/evidence/regression/frozen-five.json)
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- [新封存校验](../../registry/phase4ag-author-apl-r2/seal-verification.json)
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- [含来源链接的设计/限制历史快照](phase4ag-design-and-limits.md)
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- [保留的 v1 执行失败报告](phase4ag-author-apl.md)
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r2 模型 manifest SHA-256：`208c00961b9d895d14ac050bc23fbc18db49d0df1fcf5c20d4c3eaa8e15ff7ff`。
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r2 实验 manifest SHA-256：`21593297c40bee58516d4d7fd16e9d8d20ffdea5f8e0652fa5dd4e903b4d96ee`。
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Git 发布代码、文档及小型证据；完整数组和事件文件仍在服务器实验目录。Git 同步不等于全量异机数据备份。
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## 仓库发布检查
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原仓库 681 项文件校验零差异，仓库审计单元测试通过，暂存内容的数据/密钥/大文件检查通过。标准空白检查发现两个已封存 `oracle_apl.py` 各有一个文件末尾空行；为保留登记字节未做格式改写。仅关闭末尾空行规则并允许标准 CSV CRLF 后，其余空白检查通过。这是格式例外，不是数值容差或科学门槛例外。
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