Digital Drosophila / MaleCNS 全脑模型研究
中文简介：围绕连接组、神经动力学与可塑性的数字果蝇研究。
English summary: Digital fruit-fly research covering connectomics, neural dynamics and plasticity.
| 中文标签 | English topic |
|---|---|
| 研究 | research |
| 连接组 | connectomics |
| 神经仿真 | neural-simulation |
面向 MaleCNS v1.0 的可审计连接组、LIF 模型、感觉接口与局部可塑性机制研究。 这是研究工程仓库，不是已经实现自主学习或游戏控制的果蝇。
截至 2026-10-01，最新正式封存科学阶段仍是 Phase 4AQ：PASS-EXACT-UPDATED-BOUNDARY-ENGINEERING-NOT-LEARNING。
Phase 4AR 已按用户要求停止，暂不恢复：已提交 1,033/30,000 轮训练及 CPU 校验、138/3,920 次独立 probe；执行尚未完成，学习成功未判定。
统一入口为 main，包含注册科学代码、CPU/GPU 两套方案及已公开的 LFS 数据。7 个旧分支的精确版本通过 archive/2026-10-01/* 标签保留，见分支与恢复说明。这次只是仓库整理，不是生产运行时升级，也没有恢复训练。
项目顶层验收口径为 5/10（50%）；这不是生物学逼真度、工作量完成率或剩余工期。
最新正式候选运行时为 MaleCNS-LIF-runtime-v2-deterministic-candidate。
MaleCNS-TemporalEligibility-v2-candidate 与 MaleCNS-OlfactoryEncoder-v1-candidate 保留。
稳定信用分配、刺激特异性关联记忆和游戏学习尚未通过。
从这里开始
| 主题 | 文档 |
|---|---|
| 最新运行状态、证据与下一步 | 当前状态、CPU/GPU 保存说明 |
| 顶层验收比例与历史基线 | 项目状态 |
| 目录和数据流 | 架构与目录 |
| 科学数据定义和来源 | 数据契约、来源登记 |
| 模型边界 | 模型与冻结契约 |
| 论文、引用与证据用途 | 参考文献入口、证据边界 |
| 环境与复现 | 环境、统一恢复入口 |
| Git 同步、大数据备份与安全 | 同步说明、备份 |
| 每个阶段的原始证据副本 | 阶段索引 |
| 全部科学文件路径/大小/SHA-256 | 快照说明 |
关键事实
- 正式输入：
datasets/male-cns-v1.0/processed/neuron-only/。 - 166,700 个神经元；25,582,938 条有向边；124,177,617 个原始 synaptic contacts。
- 原始 connectome、权重、神经递质定义和所有历史冻结阶段保持原位，只读管理。
- 模型准确名称：Shiu-like LIF dynamics adapted to MaleCNS v1.0，不声称严格复现 Shiu 原模型。
- 无游戏接入验收，无批准的自主行为学习候选；历史探索输出仍保留在服务器。
Git 与数据不是同一个备份
服务器项目根目录：/data/digital-drosophila/。
远程：ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git。
统一主分支：main。历史版本由归档标签保留；原注册科学源码仍固定为 80aeb2093db655329774eff7b32fb6e417b8b40b，不随主分支移动。
Git 保存源代码、配置、文档、书目、阶段证据副本和逐文件哈希清单。
普通 Git 不直接保存大型科学二进制。Git LFS 保存获准公开再分发的原始/参考数据，以及本次 CPU/GPU 回放结果；两套原归档指针均原样整合到 main。没有上传虚拟环境、SDK 编译缓存、凭据或其他服务的数据。
原项目实占约 29.72 GB（十进制、初始化前统计），不会因为初始化 Git 被删除、搬移或重写。
只取得 Git pointer 不能恢复全数据；需按统一恢复指南下载所需 LFS 对象并验证内部成员。已封存报告中的旧分支命令仅作历史记录；不要据此重新运行实验。这不是全服务器灾备。
安全的首次检查
GIT_LFS_SKIP_SMUDGE=1 git clone --branch main ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git
cd digital-drosophila
python3 -B tools/repo_guard.py
完整数据恢复后才能运行 SHA-256 验证。不要直接执行旧阶段的生成/封存脚本：部分脚本使用固定输出路径，会覆盖历史结果。 本次仓库建设不重新运行任何科学阶段。
权属与引用
见 NOTICE。第三方数据、软件和论文各自保留其许可证；本仓库没有替用户擅自授予全项目开源许可证。 论文索引不是论文全文打包；保留 DOI、官方全文入口、版本及证据用途，避免错误再分发。