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digital-drosophila/models/male-cns-lif/apl-pn-scope-audit-v1/PROTOCOL.md
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# Phase 4AA — APL→PN scope audit(预先声明)
接续封存 Phase 4Z,仅做 CPU 解剖/实现范围审计。不重新运行旧科学阶段,不使用 GPU,不影响 ComfyUI。
不训练、不改参数/符号、不增加边、不调整 APL calibration、eligibility-v2 或 14,232 plastic mask。
## 选择与检验
- 直接从实际 annotation_type == APL、annotation_class == ALPN / Kenyon_Cell 识别;空 class 不靠名称猜测。
- 审计所有 APL 入/出边,不只选择七个观察 PN。七个 PN 来自封存 Phase 4Z 的全部真实目标 KC 入源。
- 从 CSR 独立抽取,再流式过滤原始 Feather,逐 body pair / 原始 count 严格核对。
- 区分 frozen fast-current out-mask、KC-only graded output、KC/PN-only graded input;输入被 graded 计算忽略不等于原图边被删除。
- 核对 PN↔APL 双向边、PN→KC 与 PN→ALLN 出边;这只证明解剖路径,不宣称空间/生理因果。
- 检查真实 schema 是否含接触位置、ROI、靶位点受体;SWC centerline 不等同 synaptic partner 坐标。
- 保存 Phase 4Z 所用运行时代码相关段落与 SHA-256,核实覆盖数量完全一致。
## 未知与停止条件
缺失的接触 ROI、末梢位置、受体和作用系数均记 unknown。
有配对边和论文支持不等于这只 MaleCNS 中某条连接已经定位到 calyx bouton。
不得据本审计自动恢复 APL→PN whole-cell negative current 或扩大 graded target matrix。
官方 syn-partners/syn-points 只获取 HEAD 元数据;不自动下载数 GB 数据,不请求 EM。
若继续定位需 neuPrint 授权或新的官方附加数据,输出具体需求,不猜测补齐。
## 通过的含义
audit PASS = 原始边核对通过、覆盖重建与 Phase 4Z 相符、旧文件哈希不变、未知被保留。
不等于 learning PASS,不产生新的正式模型候选。全项目顶层 gate 保持 5/10。
复现用新的 experiment_root;禁止覆盖任何已经封存的输出目录。
## 证据
- 官方 MaleCNS 下载定义:https://male-cns.janelia.org/download/
- APL 局部化:https://doi.org/10.7554/eLife.56954
- PN bouton/KC dendrite 研究:https://doi.org/10.7554/eLife.74172
- Google Research 项目说明:https://www.research.google/blog/a-connectomics-milestone-mapping-the-complete-male-fruit-fly-brain/
Google/Janelia 的解剖数据与论文用于约束来源和机制;不能替代受体/电导测量或学习任务验证。