Digital Drosophila Archive
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# 新服务器恢复
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1. 克隆 `codex/project-bootstrap` 分支，确认提交 SHA；不要克隆覆盖现有有数据目录。
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2. 阅读 `registry/catalog-20260929/environment.json`，单独重建运行环境。不要盲目安装最新依赖。
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3. 从已有数据备份/数据存储恢复 `datasets/`、`experiments/`、必要的 `models/learned/`。保持相对路径，先恢复到空的独立目录，避免覆盖现存数据。
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4. 验证下方 SHA-256 快照；失败时停止，不重生成 raw 或篡改清单。
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5. 文件校验后，再在独立输出目录运行适用版本的数值 regression。文件相同不等于新硬件上科学行为已通过。
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```bash
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# root 应是完整恢复的数据根；output 必须不存在。
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python3 -B tools/repository_audit.py --root /data/digital-drosophila verify \
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--snapshot registry/snapshots/bootstrap-20260929 \
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--output registry/verification-runs/restore-YYYYMMDD-HHMMSS.json
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```
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快照覆盖 datasets、experiments、models 及原其他科学目录；跳过虚拟环境、缓存、嵌套 Git 数据库，不追随符号链接。
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输出 mismatch / missing / added；返回非零即失败。当前快照与历史冻结 checksum 功能不同：前者验证仓库整理前后字节不变，后者验证各阶段当时封存的契约。
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如果只 clone 代码而没有恢复数据，校验失败是预期，不要通过删除清单记录“修复”。
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目前仅有 Phase 1–2 的 3.46 GB 压缩包，不能凭它恢复 Phase 3–4Z 全部实验。
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