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# Digital Drosophila / MaleCNS 全脑模型研究
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<!-- repository-metadata:start -->
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**中文简介**：围绕连接组、神经动力学与可塑性的数字果蝇研究。
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**English summary**: Digital fruit-fly research covering connectomics, neural dynamics and plasticity.
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| 中文标签 | English topic |
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| 研究 | `research` |
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| 连接组 | `connectomics` |
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| 神经仿真 | `neural-simulation` |
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<!-- repository-metadata:end -->
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面向 MaleCNS v1.0 的可审计连接组、LIF 模型、感觉接口与局部可塑性机制研究。
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**这是研究工程仓库，不是已经实现自主学习或游戏控制的果蝇。**
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截至 2026-10-01，最新正式封存科学阶段仍是 **Phase 4AQ：PASS-EXACT-UPDATED-BOUNDARY-ENGINEERING-NOT-LEARNING**。
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**Phase 4AR 已按用户要求停止，暂不恢复**：已提交 1,033/30,000 轮训练及 CPU 校验、138/3,920 次独立 probe；执行尚未完成，学习成功未判定。
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统一入口为 **`main`**，包含注册科学代码、CPU/GPU 两套方案及已公开的 LFS 数据。7 个旧分支的精确版本通过 `archive/2026-10-01/*` 标签保留，见[分支与恢复说明](docs/40-operations/branches-20261001.md)。这次只是仓库整理，不是生产运行时升级，也没有恢复训练。
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项目顶层验收口径为 **5/10（50%）**；这不是生物学逼真度、工作量完成率或剩余工期。
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最新正式候选运行时为 `MaleCNS-LIF-runtime-v2-deterministic-candidate`。
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`MaleCNS-TemporalEligibility-v2-candidate` 与 `MaleCNS-OlfactoryEncoder-v1-candidate` 保留。
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稳定信用分配、刺激特异性关联记忆和游戏学习尚未通过。
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## 从这里开始
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| 主题 | 文档 |
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| 最新运行状态、证据与下一步 | [当前状态](CURRENT.md)、[CPU/GPU 保存说明](registry/acceleration-20261001/README.md) |
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| 顶层验收比例与历史基线 | [项目状态](docs/00-overview/status.md) |
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| 目录和数据流 | [架构与目录](docs/00-overview/architecture.md) |
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| 科学数据定义和来源 | [数据契约](docs/10-data/data-contract.md)、[来源登记](docs/10-data/provenance.md) |
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| 模型边界 | [模型与冻结契约](docs/20-model/baseline.md) |
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| 论文、引用与证据用途 | [参考文献入口](references/README.md)、[证据边界](references/evidence-map.md) |
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| 环境与复现 | [环境](docs/30-reproducibility/environment.md)、[统一恢复入口](docs/30-reproducibility/main-restore.md) |
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| Git 同步、大数据备份与安全 | [同步说明](docs/40-operations/git-sync.md)、[备份](docs/40-operations/backup.md) |
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| 每个阶段的原始证据副本 | [阶段索引](registry/catalog-20260929/stages.json) |
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| 全部科学文件路径/大小/SHA-256 | [快照说明](registry/README.md) |
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## 关键事实
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- 正式输入：`datasets/male-cns-v1.0/processed/neuron-only/`。
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- 166,700 个神经元；25,582,938 条有向边；124,177,617 个原始 synaptic contacts。
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- 原始 connectome、权重、神经递质定义和所有历史冻结阶段保持原位，只读管理。
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- 模型准确名称：**Shiu-like LIF dynamics adapted to MaleCNS v1.0**，不声称严格复现 Shiu 原模型。
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- 无游戏接入验收，无批准的自主行为学习候选；历史探索输出仍保留在服务器。
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## Git 与数据不是同一个备份
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服务器项目根目录：`/data/digital-drosophila/`。
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远程：`ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git`。
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统一主分支：`main`。历史版本由归档标签保留；原注册科学源码仍固定为 `80aeb2093db655329774eff7b32fb6e417b8b40b`，不随主分支移动。
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Git 保存源代码、配置、文档、书目、阶段证据副本和逐文件哈希清单。
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普通 Git 不直接保存大型科学二进制。**Git LFS** 保存获准公开再分发的原始/参考数据，以及本次 CPU/GPU 回放结果；两套原归档指针均原样整合到 `main`。没有上传虚拟环境、SDK 编译缓存、凭据或其他服务的数据。
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原项目实占约 29.72 GB（十进制、初始化前统计），不会因为初始化 Git 被删除、搬移或重写。
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只取得 Git pointer 不能恢复全数据；需按[统一恢复指南](docs/30-reproducibility/main-restore.md)下载所需 LFS 对象并验证内部成员。已封存报告中的旧分支命令仅作历史记录；不要据此重新运行实验。这不是全服务器灾备。
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## 安全的首次检查
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```bash
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GIT_LFS_SKIP_SMUDGE=1 git clone --branch main ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git
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cd digital-drosophila
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python3 -B tools/repo_guard.py
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```
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完整数据恢复后才能运行 SHA-256 验证。不要直接执行旧阶段的生成/封存脚本：部分脚本使用固定输出路径，会覆盖历史结果。
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本次仓库建设不重新运行任何科学阶段。
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## 权属与引用
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见 [NOTICE](NOTICE.md)。第三方数据、软件和论文各自保留其许可证；本仓库没有替用户擅自授予全项目开源许可证。
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论文索引不是论文全文打包；保留 DOI、官方全文入口、版本及证据用途，避免错误再分发。
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