Digital Drosophila Archive
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# Digital Drosophila — 当前状态
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更新：2026-10-01。统一成果入口：`main`。
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## 仓库整理（不是科学实验）
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CPU/GPU 加速成果与公开 LFS 资源按保留双亲的合并历史整合到 `main`。旧 7 个分支先按精确 SHA 创建 `archive/2026-10-01/*` 标签，再核验并清理远端分支；不改旧工作树、不修改已封存数据或模型。完整映射见[分支说明](docs/40-operations/branches-20261001.md)，执行结果以 `registry/branch-consolidation-20261001/` 的实际回执为准。
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历史 registry 文档保留原字节，其旧分支恢复命令由[统一恢复指南](docs/30-reproducibility/main-restore.md)取代。
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## 最新状态：暂停研究，CPU/GPU 两套方案保留
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用户要求保存并上传现有成果，以后再继续。没有恢复训练、没有启动新实验，没有切换正式科学实现。
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- Phase 4AR 按真实已提交账本停在 **1,033/30,000 轮训练及 CPU 校验、138/3,920 probes**；末个未完成提交不算完成，也不自动重试。
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- 原科学登记 SHA 为 `b63e6281b6505ca3b60acb467dd0b3fae274cf513dcbfd653649ba52e9ba9740`，注册源码为 `80aeb2093db655329774eff7b32fb6e417b8b40b`。
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- CPU 原方案、独立 CPU 校验和常驻进程方案全部保留；GPU eligibility/update 原型在两张 V100 与 4090 的固定回放上通过逐位比较，没有替换原 CPU 代码。
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- 全脑常驻回放保持原 4090 环境、原始数学与 fresh state，42/42 次逐位一致。13 组稳态配对：原运行函数中位 5.9825 → 3.7222 秒，配对倍率中位 1.6201×；不是整轮训练加速，也不是学习成功。
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- 原实验 64,034 文件/16 源码、前一轮 659 产物/13 源码均保持一致。完整历史 Phase 1–4AQ 没有重跑。
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- 公开原始/参考数据已在独立 LFS 发布分支保存；本次另保存 CPU/GPU 科学回放结果，不包含环境、编译缓存或未确认许可的软件包。
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[CPU/GPU 方案、结果、恢复与限制](registry/acceleration-20261001/README.md) · [为什么有多个分支](docs/40-operations/branches-20261001.md)
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以下全部是历史状态，不能据此恢复任务或认为仍在运行。
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## 2026-10-01 00:09 的历史快照（已被上文停止状态取代）
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Phase 4AQ 已封存为 **PASS-EXACT-UPDATED-BOUNDARY-ENGINEERING-NOT-LEARNING**。Phase 4AR 的普通嗅觉 acquisition 已登记并启动，仍在执行；学习成功尚未判定，没有新 learned candidate。
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2026-10-01 00:09:04（Asia/Shanghai）的只读账本观察：
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- 已提交 **411/30,000** 轮训练（包含每轮更新和独立 CPU 校验）。
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- 已提交 **62/3,920** 次独立 probe。
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- 实际进程检查确认监督器、协调器和一个子进程存在；该未提交子进程不计入上述完成量。
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- 无 stopped、最终退出或 execution-complete 记录。登记 SHA 和 16 个登记源码 SHA 全部匹配；没有执行全量输入或历史产物完整性审计。
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登记 SHA-256：`b63e6281b6505ca3b60acb467dd0b3fae274cf513dcbfd653649ba52e9ba9740`。登记科学源码提交：`80aeb2093db655329774eff7b32fb6e417b8b40b`。这与当前仓库文档提交是不同概念；后续文档提交不会替换已登记源码版本。
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CPU 常驻原型的小范围工程验证已完成，原型未接入当前实验，也不据此更改当前运行速度或完成时间估计。
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下一步保持原登记执行，不自动重试、不调参或读取中途学习指标。真实完整退出后，再独立进行科学 gate 和最终完整性审计。普通 acquisition 本身不自动授权后续 assay、游戏、RL、decoder 或 Web/3D。
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[AR 登记范围](docs/progress/phase4ar-normal-acquisition.md) · [AQ 封存结果](docs/progress/phase4aq-execution-boundary.md) · [最新运行快照](registry/phase4ar-runtime-observation-20261001T000904/snapshot.json) · [本次同步说明](docs/progress/repository-sync-20261001.md) · [CPU 原型边界](docs/progress/conditioning-cpu-residency-probe-20260930.md)
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Git 仍仅同步代码、文档和小证据。本次没有上传大型原始数据或完整运行轨迹，也没有启用 Git LFS；不代表完成全量异机备份。下方截至 Phase 4AP 的原文作为历史摘要保留，其中“尚未启动条件化”等状态已经由本节取代。
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## 以下为截至 Phase 4AP 的历史摘要
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## 最近已封存结果
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Phase 4AP：**PASS-EXACT-PROCESS-ISOLATED-DELTA-INTERFACE-NOT-LEARNING**。
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12/12 个槽位完成（明确导入 1 条 AO 轨迹，新增 11 次神经运行）；复用原两组输入，未重新抽样。
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6/6 reference/light 比较与 6/6 跨 arm 对照精确通过；D0/frozen 保持零更新，D1 两轮分别有 90/79 条目标 compartment 边更新，跨 compartment 为 0。第二轮实际安装第一轮 90 条非零 delta。旧 28 套完整性与 AO/诊断/AN/AM 封存前后通过，原 AO 失败记录不变。
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40/40 服务器接口测试及 14/14 发布工具测试通过；无 NaN/Inf。仍没有 A/B 功能学习评估或 learned candidate，两个 A epoch 的总放电数也没有展示对照差异。下一步集中完成 retention 更新边界、完整学习门与端到端预算准备，再进入真实正常 acquisition；不再以接口 PASS 替代学习。
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[AP 正式结果与下一步](docs/progress/phase4ap-interface-status.md) · [正式状态](registry/phase4ap-conditioning-interface-v2/evidence/audit/final-status.json)
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## 前一项接口中止
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Phase 4AO：**FAIL-POSTPROCESS-MODULE-IDENTITY**，学习效果尚未判断。
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登记 12 条两轮 delta 衔接验证，仅第一条 reference 神经轨迹完成并封存（120 ms、36,539 spikes、无 NaN/Inf）；随后因两个同源 loader 的缓存归属冲突停止，完整流程完成数为 0/12。未重跑轨迹、未覆盖源码、未启动完整 conditioning。
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独立 CPU 进程后处理诊断已通过：同一轨迹产生 90 条目标 compartment 非零 delta，跨 compartment 改动为 0；未安装新权重，不能据此认定学习成功。AN/AM 封存与 28 套旧完整性再次通过。下一步单独登记进程隔离协调器，不能恢复或改写本次已封存 AO。
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[AO 结果、原因与后续边界](docs/progress/phase4ao-interface-status.md) · [正式失败状态](registry/phase4ao-conditioning-interface/evidence/audit/final-status.json)
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## 前一项工程验证
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Phase 4AN：**PASS-EXACT-LIGHT-CONTINUATION-ENGINEERING-NOT-LEARNING**。
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固定 zero/static25 输入下，32/32 次运行及 74 项比较通过；分段续跑保留精确事件、末态和延迟队列，独立 CSR 审计覆盖真实非零跨段到达。AM 双封存及 28 套旧完整性记录再次通过。没有训练，未生成 learned candidate；结论只覆盖注册的 100 ms 输入及固定切点，不是普遍动力学证明。
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light 的 100 ms 核心模拟约 2.15–2.19 s，单条输出约 2.60 MB，尚未达到实时。整个 32-call 执行流程约 433.97 s；首次编译、校验和保存都包含在该流程时间内。
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[AN 结果及预算边界](docs/progress/phase4an-interpretation.md)。注册 SHA：`7317441126f191ccc6e6d28438870b3921537ebe282a6acb163716a690057945`；实验 manifest SHA：`e8952a48cd3ea6a93c811a1183a1f7b79e19646299924e7688e5f393737a9aa2`。
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## 全脑固定权重接口
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Phase 4AM：**PASS-EXACT-WHOLEBRAIN-PLASTIC-INTERFACE-NOT-LEARNING**。
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独立建立 D18 whole-brain plastic-overlay 接口，不覆盖或替换旧 reference/runtime。
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75/75 服务器单元测试通过；完整性链 28 个根运行前后全部通过，五组旧参考重新运行全部精确。
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预注册 SHA-256：`465886b78ada08092c2c83de278844707499718977fb6dc6a7608391da0e5304`。
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- 零 delta 门完成：120 个固定主输入及 24 次技术重复，共 **144/144 与 Phase 4AK D18 精确一致**。
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- 同一库存 static25 的 144 次闭环运行完成，24 次技术重复精确一致；真实反馈重新计算，不钳制源事件。
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- static25 是原 float32 候选权重的 25% floor 经明确 SI 精度桥接，不是学习结果，也不声称等于 float64 基础权重的精确 25%。
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- 120/120 主试验的 MBON、实际 downstream、descending、motor 事件序列及逐细胞计数有变化；12 个 mask 目标的计数变化为 119/120、事件变化为 120/120；KC 事件变化 120/120、计数变化 32/120。这不是每个细胞都变化，也不是学习或行为 PASS。
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- 两阶段都不训练，未产生 learned candidate。zero/static25 阶段墙时分别约 1665.34/1471.04 秒；主试验最大已分配显存 526,523,392 bytes。
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运行目录：`experiments/phase4am-wholebrain-plastic-interface/`。
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[AM 结果解释](docs/progress/phase4am-interpretation.md) · [正式状态](registry/phase4am-wholebrain-plastic-interface/evidence/audit/final-status.json) · [预注册设计](models/male-cns-lif/wholebrain-plastic-interface-v1/PROTOCOL.md)
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## 前序结论保持不变
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Phase 4AL：**PASS-CONDITIONAL-CREDIT-TRANSFER-AUDIT-NOT-LEARNING**。
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固定 D18 的 120 条主轨迹及 24 次重复全部 MBON 基线逐位复现；60 组气味对都有各自特有的 KC/候选边。固定 25% 减弱在 120/120 主试验中改变了 MBON count 或首次 latency，但那是钳制源事件的条件性回放，不是真实全脑反馈、不代表气味特异记忆或响应上界。
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14,232 条 mask 边、12 个 mask-recipient MBON 和全部 97 个 MBON 保留。
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Phase 4AK D18 表征验证 PASS 原样保留。1.8 ms 为工程 APL 时序假设，不是实测延迟；matched_energy 匹配预期而非每次实际事件数；旧 1212 条非 KC fast-APL 出边未被 graded 路径替代的限制仍存在。
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[AL 结果解释](docs/progress/phase4al-interpretation.md) · [AL 正式状态](registry/phase4al-mb-credit-transfer/evidence/audit/final-status.json) · [AK 结果解释](docs/progress/phase4ak-interpretation.md)
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## 当前准备与学习边界
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Phase 4AN 的有限工程门已封存；21 份实际使用源码已按 SHA 锁定。AO 进一步登记了包含科学准备代码的 51 份源快照，实验以接口失败封存。AP 使用独立目录的 5 份新源码完成进程隔离门，旧 51 源不变；lab 整个目录仍未封存，完整科学条件化协议尚未登记执行，没有学习候选。
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评估清单和完整条件化政策仍是科学草案；完整 63 位输入、单轮更新桥及 fresh-reset 跨轮 delta 实际安装已通过有限 AO/AP 证据链，不能等同于完整学习。历史准备记录见[条件化准备进度与限制](docs/progress/conditioning-preparation-2026-09-30.md)，当前接口结果以 AP 报告为准。
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服务器 CPU 合成测试 119/119 通过，0 跳过；21 个 AN 注册源测试前后 SHA 均未变。当前续跑器禁止父子段更换 overlay，因此“保留末态并使用新 delta”的 retention 更新边界仍需新增接口验证，不是现有工程 PASS 已覆盖的能力。
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完整 conditioning 草案为 68,000 epochs、10,760 生物秒（含 idle），新显式评估政策再列出 9,440 次 probes / 1,132.8 生物秒，总计 11,892.8 生物秒。这是未执行的条件性计划库存，不是工期预算。真实 CUDA 输入检查在 AO 通过，后处理冲突由独立 AP 接口解决。仍需反转/连续保持功能门、实际末态与新 delta 衔接及完整端到端资源预算，不直接启动大批量训练。
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目标仍是“学习可以使用”，当前没有达到。接口验证或静态权重效果不能替代真实条件化。
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后续须预注册固定 olfactory A/B、具体 DAN type/compartment、至少五个互不重叠训练种子流及独立 evaluation streams；保留原 eligibility-v2、人工 US 与实际 DAN 放电的明确区分，以及配对/控制、反转、延迟奖励、保持等功能验证。
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继续冻结 raw/base CSR/W_syn/sign、既有 APL 参数、eligibility-v2、14,232-edge mask 和全部已封存产物。不调参挽救结果，不接游戏、视觉、decoder、RL 或 Web。
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AM 已正式封存并在服务器发布 3,020 份小证据；本地已按发布收据逐项验收 3,040 个文件（含控制与清单文件）。AN 的 599 个小证据文件已逐项本地验收；620 个实际 Git blobs 校验通过并推送为 `aeccb7d0ccdcf6788e0a8de60e7ab96f70dbe734`。Git 同步范围仅为源码、文档及小证据。大型轨迹保留在服务器，小证据同步不等于全量异机备份。
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模型 manifest SHA-256：`7edeb251ecbeac5a64805fefe171a0a0bf8bba2675919ef922cc1a329c203ea8`。
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实验 manifest SHA-256：`9e24b682935a9b18e05db7a933080c5f63ddbeb8a0c85cc0df1cfe1d06d88ab4`。
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正式状态 SHA-256：`18b12c832e156bd6e5ba950f48a49fb908c62104b91bb3e78213f523c8fdc8f9`。
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AP 新登记源码 commit：`0bcce983324ecfe1c75826a23e94ff932ad5e883`。
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AP 实验 manifest SHA：`a40e433541a6c02f7ad95622e96646da9a90a93e4e43cb3abfde3846b2554f00`。
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AP registry 共 356 份小文件已本地逐项 SHA 验收。Git 只同步源码、文档和小证据，不包含服务器大型轨迹。
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