digital-drosophila/docs/10-data/provenance.md

数据、外部资源与来源链

精确定位而非重新下载

完整逐文件路径、字节数、SHA-256 位于 registry/snapshots/bootstrap-20260929/files.jsonl.gz。 它记录目前服务器实物，不替代上游官方校验，也不证明过去每一次实验的执行过程。 原下载来源/校验文件保留在 datasets/male-cns-v1.0/raw/_manifests/，原 Phase 3B schema/audit 保留在 processed/neuron-only。 自动引用抽取 registry/catalog-20260929/source-citations.json 同时保存来源文件 SHA-256；抽取到的 URL/DOI 未自动背书为有效生物学证据。

外部资源

资源	本地用途	不允许的推断
MaleCNS v1.0 / Cell 2026	canonical bodies、真实边、annotation	anatomical count ≠ 实测有效电导
reiserlab/visualpathways	pathway / receptive-field / retinotopy 参考	没有坐标的 neuron 不随机补坐标
Cell Type Explorer / eye maps	视觉层级和 eye-map 参考	名称相似不证明跨数据集 ID 一致
FlyVis	独立 engineering visual front-end 探索	不称为纯 MaleCNS phototransduction
DoOR.data 2.0.1	odor-response physiology、receptor/glomerulus 通道映射	不自动推断缺失 MaleCNS body 映射

四个外部 Git 仓库的 origin、commit、dirty 状态、许可证据 SHA-256 已锁在 external-resources.lock.json。 外部仓库未 pull、未更新、未被作为嵌套 Git 内容上传。

版本与覆盖缺口

论文 formal / preprint、数据 release、软件 commit 分开标记。未知许可证、缺失映射或没有原始生理参数都显式保留 unknown。 不能因为外部数据“公开可下载”就默认可全部再分发。 不上传大型上游数据副本，恢复时优先使用自己已校验的备份；上游重下载是显式操作，不由本仓库自动执行。