Seal Phase 4AJ fixed APL timing hypothesis audit

docs/progress/phase4aj-interpretation.md

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+# Phase 4AJ：固定 graded-APL 时序分支
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+日期：2026-09-30。正式状态：`PASS-FIXED-CAL-APL-TIMING-HYPOTHESIS`。
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+这表示固定校准门通过，不是 held-out 泛化、关联记忆或“学习已经可用”。没有产生候选模型，也没有替换正式 runtime。
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+## 唯一干预与独立性
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+以封存的 Phase 4AG-r2 为对照，只比较完整 graded-APL 输出 h 在生成当步施加（D0），或延迟固定 18 tick / 1.8 ms 施加（D18）。这是工程时序假设，不是测得的 MaleCNS APL 生理延迟；PN 与 KC 来源的 h 一起延迟。
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+未改变 raw、CSR、原始 contact count、W_syn、符号、LIF 参数、APL tau/gain、eligibility-v2 或 14232-edge plastic mask。独立分支继续保留既有 5845 条 fast-APL 输出置零约定，其中 1212 条非 KC 边仍未被 graded 算子替代。没有静默修补这一局限。
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+两臂同一 case 的输入请求字节相同；受不应期影响，实际接受事件和闭环生成的 h 可不同。`matched_energy` 匹配的是预期输入量，并非不同气味的实际接受事件数完全相等。
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+## 固定 CAL 结果
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+每臂 6 气味 × 2 模式 × 5 seeds = 60 条主轨迹，另有 12 次精确重复；每条为 100 ms。两个臂均完整执行，未按结果删去条件。
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+| 指标 | D0 生理输入 | D18 生理输入 | D0 匹配预期输入 | D18 匹配预期输入 |
+|---|---:|---:|---:|---:|
+| 平均 KC 活跃比例 | 1.2713% | 3.4482% | 1.2336% | 3.4072% |
+| 最小–最大活跃比例 | 0.9350–1.9439% | 2.7067–4.6752% | 0.8858–1.7717% | 2.7067–4.6014% |
+| 同／异气味 Jaccard | .509072 / .460955 | .516363 / .480098 | .516431 / .481702 | .529681 / .495694 |
+| 同／异气味 Euclidean distance | 5.811443 / 6.205091 | 9.493907 / 9.972922 | 5.671828 / 5.932021 | 9.263882 / 9.684475 |
+| 通过的气味对 | 12/15 | 11/15 | 13/15 | 11/15 |
+| 原六项门槛 | FAIL：平均活跃比例 | PASS | FAIL：平均活跃比例 | PASS |
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+原门槛保持：平均 KC fraction 在 3%–9%，所有运行非零且小于 50%，同气味 Jaccard 高于异气味，异气味欧氏距离高于同气味，至少 3 个气味对通过。平均门槛不要求每一条轨迹都达到 3%。每模式 60 个 within 比较、75 个 between 比较；每个气味对使用自己的 within 基准。
+
+**不能把本结果解释为分离能力全面提高。** 可分气味对数量反而由 12/15、13/15 降为 11/15；欧氏距离还受活跃维度与计数影响。通过的是预先固定的完整 CAL 判据，不是显著性、记忆或生物学真实性证明。
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+顶层 `calibration.pass_all` 为 false，因为它要求两个臂的表示门都通过；D0 的已知表示失败没有改变。实际执行看 `execution_gate_pass=true`；正式时序假设结论由完整数值门与 D18 门决定，没有把 D0 失败改写为成功。
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+## 数值与完整性
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+- 模型合成测试本地和服务器均 65/65；发布工具 12 项、描述工具 6 项，合计 18/18，在本地和服务器均通过。
+- 60 份封存对照中，420 个 ALLN 的事件、计数及最终 V/g/ref 条件重建通过。
+- 固定生成序列 68 × 2 = 136 项平移检查通过。初始正零与未消费尾部样本按位保留，不额外推进脑来清空尾部。
+- 两臂各 8 个 fixture 与 2 个全图 probe，共 20 组 Brian LIF／GPU 与 APL 组件检查通过；32 组 fixture 技术重复通过。
+- 两臂 120 条 CAL 主轨迹及 24 次重复完整，D0 的 72 次 CAL 对照精确复现旧结果。
+- 旧五组冻结参考新运行的事件序列、计数和最终 V/g 均逐位一致。原登记 230239 项与后续 Phase 4AA–4AI 各封存目录均校验通过，无 mismatch。
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+Brian 独立执行 LIF、产生自己的 spikes 并维护独立 FIFO，但 APL 算术仍共享已冻结 Torch 组件；另有 AST replay／舍入界组件审计。不能称全组件独立 CPU 验证或普遍等价证明。当前仅验证了固定短轨迹，不代表任意时间长度的稳定性。
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+旧 reference 加载只读 NumPy 数组时发出 PyTorch 警告；未为此修改封存代码。五组回归仍精确，冻结文件校验通过。诊断耗时包含同步、哈希和进程通信，不是生产运行时速度。
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+仓库格式审查保留 3 处非功能性提醒：已封存 `compare_timing.py:611`、`gpu_timing.py:453` 的末尾空行，以及 `test_calibration.py:206` 的行末空格。没有为了通过格式检查改写已登记／封存源代码；这些提醒不是数值失败，也不应报告成“格式检查零提醒”。
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+## 最早非设计 PN：补齐的是带时序先行证据
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+以下只来自旧 AG-r2 的 60 条对照轨迹，**不是新 D18 的来源归因**。窗口严格早于 earliest cohort 各自首发以及全网首个 KC；所有同 tick 首发 PN 均纳入。
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+| 指标 | 生理输入 | 匹配预期输入 |
+|---|---:|---:|
+| 最早非设计 PN 早于首个 KC | 30/30 | 30/30 |
+| 最早 cohort neuron-occurrences | 36 | 34 |
+| 接受到该 cohort 的 ALLN→PN edge-events | 85 | 91 |
+| 其中 ALLN 本次放电前、上次 reset 后有 design PN→ALLN 接受事件 | 85 | 91 |
+| 保存的时序 join pairs | 274 | 320 |
+| design ALPN 名义正增量合计（SI V） | 2.546500 | 2.189825 |
+| ALLN 名义正增量合计（SI V） | 1.411025 | 1.446500 |
+| ALLN 名义负增量绝对值合计（SI V） | .191950 | .209550 |
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+这里既有直接 PN 来边，也有符合实际延迟／接受条件的 PN→ALLN→PN 先行链。名义正增量最大的并非 ALLN；不能沿用 4AI 另一群体／窗口的约 66% 数字。85/91 是带时间的边事件数，不是唯一边数；274/320 是可共享先行事件的 join pairs，不是独立因果重复。负权重事件不构成兴奋性招募证据。
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+这些结果排除“尚未发生的 KC spike 启动最早 PN”这一解释，但不证明某条边的必要性、充分性、唯一原因，亦不证明气味信息全部丢失。ALLN 是 annotation class，不是 nonspiking 身份。
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+## 保存与下一关
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+- 新模型：`models/male-cns-lif/apl-timing-lab-v1/`。
+- 新实验：`experiments/phase4aj-apl-timing/`。
+- 模型 payload 21 文件、275408 bytes；实验 payload 4954 文件、6991917799 bytes（约 6.99 GB）。这不包含 manifest/checksums 两个控制文件。
+- 模型 manifest SHA-256：`52b05dd1ff30b6b51ff960fe95904532f5c147731a83f0b5c31f98ca7e53c216`。
+- 实验 manifest SHA-256：`7f490ada0db30785c61954d8b92147378ddc8bc16b229fe3808bbe501caff44a`。
+- 发布复制 1957 个小证据／控制文件、8673739 bytes（约 8.67 MB）；另有发布收据、索引与只读解释文件，不将它们混入上述复制数量。
+- [正式状态](../../registry/phase4aj-apl-timing/evidence/audit/final-status.json)、[CAL](../../registry/phase4aj-apl-timing/evidence/calibration/summary.json)、[旧回归](../../registry/phase4aj-apl-timing/evidence/regression/frozen-five.json)、[封存校验](../../registry/phase4aj-apl-timing/seal-verification.json)。
+- [只读解释指标](../../registry/phase4aj-apl-timing/interpretation-metrics.json)另附 SHA，不修改科学 manifest 或原 publication receipt。
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+完整事件数据留在服务器；Git 只同步代码、小报告和校验，不是全量异机备份。下一步见 [独立验证计划](phase4aj-next-validation.md)，本阶段没有执行其轨迹，没有训练／条件化、held-out 动态访问、游戏、decoder、RL 或 Web。

docs/progress/phase4aj-next-validation.md

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+# Phase 4AJ 后：冻结 D18 的独立验证计划
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+状态：**待新阶段预注册与执行**。本文件是计划，不是已通过的结果。
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+Phase 4AJ 固定 CAL 已通过，下一关应检验外推，不能继续扫描 delay/gain 或直接宣称学习可用。
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+## 固定设计
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+只使用已封存 D18；动力学、100 ms 窗口、输入编码、APL 算术／队列、符号、CSR、mask 与原判据全部固定。
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+| 验证块 | 固定输入 | 主运行 | 技术重复 |
+|---|---|---:|---:|
+| 独立种子 | 原 6 个 CAL 气味 × 5 个新 seeds × 2 模式 | 60 | 12 |
+| 校准未用气味 | 静态面板后 6 个气味 × 同 5 个新 seeds × 2 模式 | 60 | 12 |
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+在任何新脑轨迹之前，锁定两个块的输入、种子、分析、停止规则和 SHA。先完成独立种子块，只有完整通过才解锁第二块；失败就封存，不换 seed／气味重试。第二块固定首气味／首种子的两种模式作新增 Brian 全图对照，不能按结果挑选。
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+每个“验证块 × 模式”分别通过原六项完整 CAL 门，四项全部通过；不许合并 12 个气味的平均值来挽救失败。逐位技术重复、有限 h 平移／pending、数值完整性和旧冻结回归仍必须通过。重复不是新随机样本；跨气味共享种子用于原配对统计，两块不应描述为独立随机流或生物重复。
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+## 静态输入与泄漏边界
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+允许读取原 `phase4l-olfactory-grounding` 的以下静态文件并核对已登记 SHA：
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+- `odor-encoder/frozen-odor-panel.parquet`
+- `odor-encoder/mapped-glomerular-vectors.npz`
+- `odor-encoder/selection.json`
+- `receptor-mapping/olfactory-mapping.parquet`
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+原行序、split、气味身份、glomeruli 顺序、PN 映射、RNG 列序和零响应规则保持不变。匹配输入基准继续用全 12 气味静态中位数 `2.556107997894287`，不得对任一六气味子集重算。
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+禁止提前读取旧 `kc-representation`、整个 12 气味动态输出、`eligible-edges`、`plasticity-magnitude`、`conditioning` 或混合这些结果的综合报告；不能先打开混合表再过滤。静态 A/B 身份也不能用于挑选有利气味替代完整验证块。
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+旧 4L 代码曾遍历全 12 气味。因此后六个只叫**“未参与 AG/AJ 校准的气味”**，不能说项目历史从未模拟过。新分支验证是对固定新模型的外推测试，不是完全未被研究过的生物样本。
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+先通过仅配置／输入清单的审计确定新 seed namespace，连同显式派生规则检查重用。`52101–52105` 已在 4Q/4R 使用，`51301–51305` 是旧学习评估种子，`512xx` 存在 train_seed+pairing 派生范围；不指定未经查证的新值，不无依据承诺全历史绝对独立。
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+## 实现约束与结果范围
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+旧 AG `validate_inventory` 硬编码原 CAL seeds/IDs，`read_trial` 记录也硬编码 calibration。新阶段须新增明确 cohort 的适配器，复用来源固定的纯指标与数值校验；不能改旧 globals、伪装成原 CAL 或改封存源码。
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+计划依据：仓库 `models/male-cns-lif/phase4l.py` 的静态编码／原指标（约 149、199、204 行），`phase4p_revalidate.py` 的 PN drive（约 226 行），`author-apl-lab-v2/calibration.py` 的指标／inventory（约 77、96、243、268 行），以及封存的 AG `protocol/encoder-audit.json`。行号仅帮助定位，实际以 SHA 登记版本为准。
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+即使全部通过，下一关仍是 credit specificity、真实 KC→MBON 功能传递、全脑输出与带控制的 conditioning；不产生 learned candidate，不接游戏、RL 或 decoder。1.8 ms 仍是工程假设，不因此成为实测生物学参数。