Seal Phase4AF exact short fullgraph author GPU gate and APL integration audit
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Digital Drosophila Archive
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# 下一关：author LIF + frozen legacy graded APL 的显式兼容审计
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本文件为只读设计审计，未执行新APL试验、CAL或训练，不属于4AF数值PASS的覆盖范围。
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## 已核源码与历史参数
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旧实现：`models/male-cns-lif/phase4p_revalidate.py`，SHA256
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`c7e693a2da70acdce4f53af5c2853e52e8333acc93f88a46a5e8083eac639346`。
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固定配置：`models/male-cns-lif/phase4l.yaml`，SHA256
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`9b8bcb7e031bf9063033a1854a439a7cd0bf6730301c2d2d02ca99a76f098d6e`。
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根代理只读检查服务器历史锁文件：
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`experiments/phase4j-mb-physiology-repair/calibration/locked-parameters.json`，574B，SHA256
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`1894cc4b4082ba9b2d069edf87c5eccb75292aa11947ad9c48acf661037ff3e7`。
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文件明确calibration_only=true、formal_or_heldout_used_for_selection=false、parameters_locked=true。
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旧72格CAL选择gain=.01、normalization=1、tau=20ms；3个配置有效，选中mean_fraction=.0400467519685。
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本次只核锁文件及来源，没有重新运行其历史CAL，不声称这些参数在新动力学中仍已生理验证。
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## 旧overlay实际合同
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APL由实际KC/ALPN spike事件驱动，不读取注入请求，不以APL点神经元自身spike驱动。
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输入矩阵是KC∪ALPN→APL的正raw count；除以全部有效输入raw总和/具有任意APL输入连接的唯一source数。
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输出矩阵是APL→KC raw count，除以非零矩阵元素均值。
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两矩阵、APL状态及旧torch.mv/matmul均为float32。decay=f32(exp(-.1/20))；每tick乘decay再加当前实际spikes的输入；输出乘.01，旧单位是mV/state/step。
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没有额外delay、dt/tau驱动缩放或state截顶。
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旧顺序是LIF→实际放电/接受forcing→快边排队→KC trace→APL→无条件减KC的g。
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所有5,845条APL源快出边都被overlay清零；graded仅回填KC。已有4Z审计中1,212条非KC出边/13,712contacts/999targets没有graded回填。
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兼容审计不得顺手缩窄该mask或恢复非KC边，解剖base文件永远只读；该已知范围限制必须保留在解释中。
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## 与新author语义的交界不能静默处理
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最小移植假设是：完成author groups/thresholds/synapses/resets之后，在end无条件执行原APL写入，再采样状态。
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这不是作者原始APL模型，也不意味着新组合已被4AF验证。
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1. 刚spike的KC先reset g=0，随后APL可以写入负g。
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2. refractory KC仍接收APL，而author g在refractory期间冻结，因此负g可能累积到释放时。旧后端此时g仍衰减，行为不等价。
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3. 改成guarded on_pre、检查not_refractory或挪到reset前，都属于另一个假设，不可称旧overlay原样移植。
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4. float64主状态不授权APL自动变float64。须保留旧float32矩阵/状态/算术并明确最后mV→SI转换；归约次序或精度变化另立数值合同，不能假定torch与NumPy逐bit相同。
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5. Brian赋值API是否真正实现上述无条件写入，必须以边界fixture实测；不能从API名称推断。
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## CAL前固定fixture与门禁
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- 零输入和独立trial reset，无跨trial残留。
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- 各一个PN/KC脉冲与双APL汇合，核对当前tick驱动、下一tick膜效应和20ms尾迹。
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- 自然spike/接受请求/拒绝请求/两者重合：每个实际事件只计一次。
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- KC reset与refractory age0/1/21/22：保存overlay前后g/ref与实际写入行为。
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- 快突触到达与APL同tick：快边guard原样、APL顺序独立。
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- KC/非KC范围、双APL高fan-in、非整数规范化和SI转换，防止1000倍单位错误。
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真实子图保留全图归一化常数，不按截取子图重算。保存APL/KC/ALPN有序身份、全部fast edge mask、原矩阵与规范化float32字节hash、归一化常数、参数/dtype/调度及基础/overlay权重hash。
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逐tick比较实际事件、请求接受拒绝、APL drive/state/inhibition、overlay前后g/ref。新组合需要独立oracle和重复运行检查；不是要求新整网轨迹与旧模型相同。
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先语义fixture，再固定同输入CAL；不碰heldout、不调gain、不以安静或稀疏作为成功标准。只有信息保持与功能性学习门禁通过才能推进学习候选。
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# Phase 4AF：短时完整图数值对照
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状态：`PASS-SHORT-FULLGRAPH-NUMERICAL-GATE`。
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完整166,700节点/25,582,938边，原synaptic-contact总数124,177,617。
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作者默认float64；新分支只读复用4AE CUDA算术与未修改作者Brian2 create_model。
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无APL叠加、无Poisson forcing、无训练。只有tick0固定请求，所有原始边/符号/W_syn保留。
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| trial | biological ms | events | active neurons | per-tick exact gate |
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|---|---:|---:|---:|---|
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| no_input | 10 | 0 | 0 | True |
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| single | 50 | 24398 | 9225 | True |
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| five | 50 | 24983 | 9170 | True |
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每tick比较所有细胞原始V/g bit、ref、spike events、实际输入以及原队列edge/guard顺序SHA256。
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完整CPU状态保留，GPU逐tick状态hash由独立文件审计再次重算核对；未保存dense spike matrix。
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未执行：[]；执行异常：[]。
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GPU wall/VRAM含逐tick同步、CPU拷贝和hash，仅是诊断成本，不是实时性能benchmark。
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原冻结校验与旧五组deterministic-v2参考回归另列；旧回归PASS不代表新动力学学习PASS。
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三个短轨迹一致也不证明长期全脑行为、生物学正确、嗅觉区分或学习成功。
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下一步：Explicit fixed APL/author semantics integration audit, then fixed DoOR CAL without learning
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# Phase 4AF：短时全脑作者语义数值门禁通过
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正式状态：`PASS-SHORT-FULLGRAPH-NUMERICAL-GATE`。
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这是独立 `codex/lif-author-semantics-lab` 分支的数值验证，不是学习候选。
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## 实际结果
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完整166,700节点、25,582,938条原始有向边、124,177,617个synaptic contacts。
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217个孤立节点与101条self-loop保留；sign未变，包括178个NULL与2,999个unclear的sign=0。
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W_syn=.275mV/contact，作者默认float64，所有动力学常量保持本分支预注册值。
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| 固定试验 | 生物时间 | 放电事件 | 活跃神经元 | 实际边到达 | 接受的到达 | 逐tick精确对照 |
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|---|---:|---:|---:|---:|---:|---|
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| 无输入 | 10ms | 0 | 0 | 0 | 0 | PASS |
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| tick0请求1381 | 50ms | 24,398 | 9,225 | 9,501,728 | 8,173,086 | PASS |
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| tick0请求固定五节点 | 50ms | 24,983 | 9,170 | 9,776,853 | 8,442,581 | PASS |
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五节点是1197、1381、1511、82312、133666。全试验只有tick0请求，不是持续Poisson驱动。
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所有请求均实际触发放电。CPU与GPU完整事件序列、每细胞计数、每tick V/g原始bit、不应期、原始queue edge/guard顺序均一致；状态最大差0，无NaN/Inf。
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1,100个tick ×166,700个细胞逐一比较，不是仅检查末态或总spike数。
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独立文件审计重新从CPU完整memmap计算hash，与GPU每tick原始状态摘要核对。
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真实输入graph保留canonical CSR slot作为edge_id。作者create_model实际加载的全部i/j与全部SI权重逐块验证；GPU复用实测作者权重及实际生成的系数。
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GPU仅fan-out实际放电源的出边，稳定按target分组并保留目标内原顺序，从已有g逐条累加，不另行求和。
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## 解释边界
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- 只有三个短时轨迹，不能外推长期全脑等价或生理正确。
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- 本轮明确未启用APL overlay、未训练、未触碰heldout，不能当作正式嗅觉CAL。
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- 两个刺激条件的输入数量不同且不是odor对照，不能据活动差异声称separability。
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- fullgraph streaming queue proxy保留原对象/顺序，并核对完整delay与计数；没有另跑全图无代理重复。4AE的小图wrapped/unwrapped控制已通过，但不是全图复跑证据。
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- float32不被宣称为float64等价加速；4AE阈值临界夹具已有跨精度事件差异。
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## 诊断成本，不是性能候选
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GPU含逐tickCPU拷贝、hash和同步的simulation wall：0.566s/3.383s/3.414s。
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最大allocated VRAM320,670,208B，约305.8MiB。首次构建约58.79s，单列记录。
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此实现为严格诊断，不是实时运行benchmark；不能把上述时间换成正式runtime实时性结论。
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完整状态与图留服务器，新增payload约5.11GB；Git仅同步源码、小证据和checksum，不等于异机全量备份。
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## 完整性和异常
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原230,239项冻结字节、4AA–4AE及背景复核的前后hash全部PASS；旧五组deterministic-v2 frozen参考重新运行，事件/计数/末V/g全部精确一致。
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新model11项、experiment129项payload已封存，publication再核manifest通过。
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实验manifest SHA256：`0646b5fc232ee44912f1c3a60d600355f5a6d97dff7cf59fccea612d822fb899`。
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部署时新experiment父目录不可写，首次prepare尚未生成protocol即中止；仅为本次新leaf目录配置所有权后重试，未改旧目录权限或数据。
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Windows本地测试遇UTF-8配置默认GBK读取问题，已在预注册前修复。4项协议单测通过，纯queue摘要另有14项本地检查通过。
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旧参考代码出现PyTorch对只读NumPy tensor构造的既有warning；未修改旧代码。GPU复制运行、冻结checksum和参考结果均通过。
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科学试验无失败，无参数/输入/容差重选。
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发布时CSV的标准CRLF被Git默认whitespace检查提示；保留封存原始字节，使用允许CR-at-EOL的检查，其余空白检查仍启用，未重写证据文件。
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## 下一关
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先明确并验证author LIF与frozen legacy graded APL的组合调度、refractory写入和float32→SI单位合同，再进行固定DoOR嗅觉CAL。
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之后才允许独立seed、新odor以及credit/functional learning gate。仍没有learning candidate，未进入游戏。
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详见[完整报告](phase4af-author-fullgraph.md)、[下一关只读设计审计](phase4af-apl-next-gate.md)、[封存校验](../../registry/phase4af-author-fullgraph/seal-verification.json)。
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