Archive MaleCNS research sources, provenance, bibliography and immutable data inventory

2026-09-29 03:38:32 +08:00
commit 3981628ff8
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+"""Present preregistered results without modifying any scientific choice."""
+from pathlib import Path
+import json
+
+root=Path('/data/digital-drosophila/experiments/phase4t-timing-stability')
+a=json.loads((root/'audit/summary.json').read_text())
+r=json.loads((root/'validation/summary.json').read_text())
+p=json.loads((root/'protocol/preregistered.json').read_text())
+names={x['odor_id']:x['odor_name'] for x in p['odors']}
+lines=['# Phase 4T — 时序稳定性诊断与独立验证','',f"正式实验状态：`{r['status']}`",'',
+       '## P0：旧事件诊断','',
+       '20 条 Phase 4S 序列均精确复现原 matched/random credit。3 个零 credit 均为目标 KC 首次活动晚于 US，不是全程无目标活动。','',
+       '| seed | 首次目标 KC 放电 ms | 全程目标 active KC | 全程覆盖目标边数 |',
+       '|---|---:|---:|---:|']
+for x in a['zero_credit_trials']:
+    lines.append(f"| {x['seed']} | {x['first_target_ms']:.1f} | {x['target_active_KC']} | {x['edges_covered_any_time']} |")
+lines+=['','原 US=20 ms；3 个失败种子都没有 US 前目标 KC 放电。提前奖励与首次目标活动错位解释零 credit，但没有确立上游时序波动的生物学原因。','',
+        '## P1：新预注册实验','',
+        '只改候选时序选择准则，不改 frozen brain、输入强度、DAN 强度、学习幅度或 14,232-edge mask。依旧测试原有 8 个 US 时点与 6 个窗口。',
+        '选择目标：校准气味中最差的第 20 百分位 matched/random ratio 最大；相同分数才选更短窗口和更早 US。每气味 20 seeds，至少 16/20 ratio≥3 且均值比≥3。',
+        '验证分为同气味新 seeds 和未参与本轮 timing selection 的 4 个气味。后者此前出现在 Phase 4L，不是从未研究过的全新数据。']
+if r['calibration']:
+    c=r['calibration'];lines+=['',f"冻结选择：US={c['US_ms']} ms，window={c['window_ms']} ms，tau={c['tau_ms']:.6f} ms。"]
+for key,title in [('calibration','校准'),('seed_validation','同气味独立 seeds'),('odor_validation','跨气味验证')]:
+    g=r[key]
+    if g:
+        lines+=['',f'### {title}','','| 气味 | 达标 seeds | matched/random 均值比 | q20 比值 | 零 credit | 通过 |',
+                '|---|---:|---:|---:|---:|---|']
+        for x in g['odors']:
+            lines.append(f"| {names[x['odor_id']]} | {x['qualifying']}/{x['n']} | {x['ratio_of_means']:.4f} | {x['q20_ratio']:.4f} | {x['zero_credit']} | {x['pass']} |")
+lines+=['','## 门槛与后续','',f"Timing gate：{r['timing_gate_pass']}。",f"五组 frozen reference：{r['frozen_reference_pass']}。",
+        f"Live-US 对照：{r.get('live_controls_pass','未运行')}；整脑重复：{r.get('repeats_pass','未运行')}。",
+        f"下一门槛：{r['next_gate']}。",'','本轮没有训练权重、没有 formal A/B credit 累积、没有游戏或动作 decoder。',
+        '时间 credit 优于随机，不等于刺激特异记忆；只在独立 gate 通过后才能继续分组 plasticity 和 isolated/whole-brain 功能传递。',
+        '单元测试中 D=0、unrelated-compartment、far-timing 为代数控制，不冒充生理模拟。US/KC 同步平移 18 步验证相对时间，未改动 delay。',
+        '历史 integrity 最终结果见 audit/frozen-integrity.json。本报告在封存前生成；全部产物以 checksums.sha256 为准。']
+diag=json.loads((root/'validation/descriptive-event-diagnosis.json').read_text())
+lines+=['','## 验证失败的事后事件描述（不用于重新选参数）','',
+        '| 气味 | seed | ratio | 首次目标活动 ms | gate active KC | US 后事件比例 |',
+        '|---|---:|---:|---:|---:|---:|']
+for x in diag['low_ratio_trials']:
+    lines.append(f"| {x['odor_name']} | {x['seed']} | {x['ratio']:.4f} | {x['first_target_ms']:.1f} | {x['gate_active_KC']} | {x['fraction_target_events_after_US']:.2%} |")
+perf=json.loads((root/'performance/summary.json').read_text())
+lines+=['','ethyl 3-hydroxyhexanoate 的 7 个未达标种子，在 US 前 gate 仅有 2–12 个目标 KC 激活，84.3%–97.5% 的目标放电在 US 后发生。固定时点的跨气味覆盖仍不足；不能据此反向授予 future credit。',
+        '另一气味有 1 个零 credit 种子首次目标活动在 29.0 ms。总体通过门槛不表示逐试次零失败。',
+        '',f"运行耗时（不含编译）：{perf['wall_seconds_excluding_build']:.2f} s；PyTorch peak allocated VRAM：{perf['peak_VRAM_bytes']/2**20:.2f} MiB。GPU utilization 未采样。",'',
+        '额外异常记录：底层冻结加载器出现 NumPy 只读数组转张量提示；此轮未改其源码，完整回归与输入 checksum 用于验证未改写。审计初次 JSON 导出因缺失时刻的 NaN 停止，已修复为 null；无模型运行结果变更。']
+(root/'REPORT.md').write_text('\n'.join(lines)+'\n',encoding='utf-8')
+print('\n'.join(lines))