Archive MaleCNS research sources, provenance, bibliography and immutable data inventory

2026-09-29 03:38:32 +08:00
commit 3981628ff8
682 changed files with 161475 additions and 0 deletions
@@ -0,0 +1,20 @@
+# 新服务器恢复
+
+1. 克隆 `codex/project-bootstrap` 分支，确认提交 SHA；不要克隆覆盖现有有数据目录。
+2. 阅读 `registry/catalog-20260929/environment.json`，单独重建运行环境。不要盲目安装最新依赖。
+3. 从已有数据备份/数据存储恢复 `datasets/`、`experiments/`、必要的 `models/learned/`。保持相对路径，先恢复到空的独立目录，避免覆盖现存数据。
+4. 验证下方 SHA-256 快照；失败时停止，不重生成 raw 或篡改清单。
+5. 文件校验后，再在独立输出目录运行适用版本的数值 regression。文件相同不等于新硬件上科学行为已通过。
+
+```bash
+# root 应是完整恢复的数据根；output 必须不存在。
+python3 -B tools/repository_audit.py --root /data/digital-drosophila verify \
+  --snapshot registry/snapshots/bootstrap-20260929 \
+  --output registry/verification-runs/restore-YYYYMMDD-HHMMSS.json
+```
+
+快照覆盖 datasets、experiments、models 及原其他科学目录；跳过虚拟环境、缓存、嵌套 Git 数据库，不追随符号链接。
+输出 mismatch / missing / added；返回非零即失败。当前快照与历史冻结 checksum 功能不同：前者验证仓库整理前后字节不变，后者验证各阶段当时封存的契约。
+
+如果只 clone 代码而没有恢复数据，校验失败是预期，不要通过删除清单记录“修复”。
+目前仅有 Phase 1–2 的 3.46 GB 压缩包，不能凭它恢复 Phase 3–4Z 全部实验。