Archive MaleCNS research sources, provenance, bibliography and immutable data inventory

docs/30-reproducibility/environment.md

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+# 环境与可重复性范围
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+当前服务器环境快照：`registry/catalog-20260929/environment.json`。
+记录 Python、已安装包的名称/版本、GPU/显存/driver、OS、Git、nvcc；不导出含凭据的包索引 URL 或环境变量。
+该快照反映归档时环境，不保证等同于每个早期阶段的原运行环境，也不是 wheel/CUDA 二进制供应链锁定。
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+原主环境位于 `models/male-cns-lif/.venv/`，另有 processed/.venv；两个环境本次均不修改，不入 Git。
+建议新机器在独立环境按记录重建，保存 wheel 来源/哈希与编译日志后再做科学回归。
+本次没有安装、升级依赖或重编译科学内核。
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+历史脚本可能写固定绝对目录。任何科学复现须先检查入口及输出路径，在独立实验目录运行，绝不在封存目录执行 finalize。
+本次只执行存储完整性和仓库工具测试，不声称重新运行了 Phase 4C/4P 科学回归；这些既有结果通过原报告副本保留。

docs/30-reproducibility/restore.md

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+# 新服务器恢复
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+1. 克隆 `codex/project-bootstrap` 分支，确认提交 SHA；不要克隆覆盖现有有数据目录。
+2. 阅读 `registry/catalog-20260929/environment.json`，单独重建运行环境。不要盲目安装最新依赖。
+3. 从已有数据备份/数据存储恢复 `datasets/`、`experiments/`、必要的 `models/learned/`。保持相对路径，先恢复到空的独立目录，避免覆盖现存数据。
+4. 验证下方 SHA-256 快照；失败时停止，不重生成 raw 或篡改清单。
+5. 文件校验后，再在独立输出目录运行适用版本的数值 regression。文件相同不等于新硬件上科学行为已通过。
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+```bash
+# root 应是完整恢复的数据根；output 必须不存在。
+python3 -B tools/repository_audit.py --root /data/digital-drosophila verify \
+  --snapshot registry/snapshots/bootstrap-20260929 \
+  --output registry/verification-runs/restore-YYYYMMDD-HHMMSS.json
+```
+
+快照覆盖 datasets、experiments、models 及原其他科学目录；跳过虚拟环境、缓存、嵌套 Git 数据库，不追随符号链接。
+输出 mismatch / missing / added；返回非零即失败。当前快照与历史冻结 checksum 功能不同：前者验证仓库整理前后字节不变，后者验证各阶段当时封存的契约。
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+如果只 clone 代码而没有恢复数据，校验失败是预期，不要通过删除清单记录“修复”。
+目前仅有 Phase 1–2 的 3.46 GB 压缩包，不能凭它恢复 Phase 3–4Z 全部实验。