Archive MaleCNS research sources, provenance, bibliography and immutable data inventory

2026-09-29 03:38:32 +08:00
commit 3981628ff8
682 changed files with 161475 additions and 0 deletions
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+# 目录与数据流
+
+```text
+digital-drosophila/
+├── README.md / NOTICE.md
+├── docs/                 当前导航、科学边界、复现和运维
+├── references/           书目、DOI、证据用途、来源元数据
+├── registry/             科学文件快照、阶段报告副本、外部版本锁定
+├── tools/                只读清单、校验与提交检查工具
+├── models/male-cns-lif/  原位保留的各阶段 Python/CUDA/配置/manifest（Git 跟踪）
+├── models/learned/       历史探索输出（仅服务器，非正式能力声明）
+├── datasets/            原始、处理后、备份（仅服务器）
+├── experiments/         各阶段完整事件、状态和审计（仅服务器）
+└── backend/frontend/game/logs/recordings/  原目录保留；空目录不由 Git 保存
+```
+
+```text
+official MaleCNS raw
+  → Phase 3B neuron-only / int32 index + uint64 body_id
+  → base CSR / raw int64 count（只读）
+  → independent sign + effective weight
+  → frozen LIF / deterministic-runtime-v2
+  → sparse events / states / audit
+
+external physiology + canonical mapping → engineering sensory encoder → BrainIO
+independent diagnostic overlays → separate experiments（不替换 base）
+```
+
+原目录未改名、未搬移、未整理重写。已有脚本大量使用 `/data/digital-drosophila` 绝对路径，保持这种布局是当前复现前提。
+根目录文档是导航层；旧模型 README 可能只描述某个早期阶段，不能单独作为全项目当前状态。
+
+源代码与当前快照一起首次进入 Git，不会伪造过去每一阶段的提交历史。此前版本身份仍来自各阶段原 manifest/SHA-256。
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+# 状态与下一步（2026-09-29）
+
+## 顶层验收口径
+
+| 验收项 | 完成率 | 解释 |
+|---|---:|---|
+| 数据与 neuron-only canonical set | 100% | 保留原数据、映射和审计 |
+| LIF 与确定性运行时 | 100% | Phase 4P 数值契约范围内通过，不代表生理精确 |
+| BrainIO / ActivityStream | 100% | 已验证接口，不等于行为闭环 |
+| 有来源的嗅觉输入编码 | 100% | 编码候选通过，不等于 held-out 记忆通过 |
+| 局部 eligibility / plasticity 组件 | 100% | 组件级验收；不是关联记忆系统通过 |
+| 稳定信用分配 | 0% | 未满足正式验收 |
+| 刺激特异性关联记忆 | 0% | 未满足正式验收 |
+| 结构化视觉候选 | 0% | 历史 Phase 4E/4F 候选失败，保留失败证据 |
+| 动作闭环 | 0% | 未批准进入 |
+| 游戏中学习 | 0% | 未批准进入 |
+
+合计 5/10 = 50%。0% 表示该 gate 尚未通过，不表示没有投入工作；100% 也不表示没有研究局限。
+
+## 当前机制定位：Phase 4Z
+
+正式状态 `COMPLETE-EVENT-RESOLVED-PN-AUDIT`，不是新学习模型候选。
+12 个主试次，6 种旧气味、seed 131101；复现既有参考和 DPM-off 独立诊断条件。
+12/12 Phase 4Y 复现、6/6 Phase 4W 全脑事件复现、132/132 CPU shadow replay、2/2 重复、5/5 冻结参考回归通过。
+
+剩余 KC 82312（body 109321）晚期正到达权重约 99.38% 来自 ALPN；最大单源 VA6_adPN 133666（body 527577）约占 36.16–36.39%。
+真实事件支持 ALLN→PN→KC 持续驱动。局部回放中移除指定记录输入可消除晚期 spike，但**尚不是全脑环路必要性的干预证明**。
+
+冻结 APL overlay 对全部 5,845 条快速出边置零，graded 替代只覆盖 KC；1,212 条非 KC 出边、13,712 contacts、999 targets 没有直接替代项。
+这包括被观察 PN 的 7 条边、247 contacts。它是模型覆盖缺口，不是本轮删边；末梢抑制不能未经证据直接换成整细胞负电流。
+
+827 个相同请求中有 61 个接受状态不同、52 个请求时刻实际输出不同，来自网络状态/不应期；不能仅以请求总数相等声称实际 PN spike 相等。
+
+## 后续优先顺序（计划，不在本次仓库整理中执行）
+
+1. 审计 APL→PN 接触位置、作用范围和受体证据，未知继续记 unknown。
+2. 区分末梢抑制、整细胞电流、局部环路持续驱动；预先声明独立机制假设和可证伪 gate。
+3. 在确定性运行时及相同实际输入语义下做回归，保留全部失败条件。
+4. 只有稳定、特异性记忆与下游 readout 通过，才讨论动作接口；视觉和游戏另设验收。
+
+不调 eta、阈值或脑增益来制造通过，不扩大 plastic mask，不替换 frozen baseline。
+各阶段准确状态以 `registry/catalog-20260929/evidence/` 的原始报告副本为准；不要把所有阶段统一写成 PASS。