Archive MaleCNS research sources, provenance, bibliography and immutable data inventory

2026-09-29 03:38:32 +08:00
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+# Digital Drosophila / MaleCNS 全脑模型研究
+
+面向 MaleCNS v1.0 的可审计连接组、LIF 模型、感觉接口与局部可塑性机制研究。
+**这是研究工程仓库，不是已经实现自主学习或游戏控制的果蝇。**
+
+截至 2026-09-29，最新封存阶段是 **Phase 4Z：COMPLETE-EVENT-RESOLVED-PN-AUDIT**。
+项目顶层验收口径为 **5/10（50%）**；这不是生物学逼真度、工作量完成率或剩余工期。
+最新正式候选运行时为 `MaleCNS-LIF-runtime-v2-deterministic-candidate`。
+`MaleCNS-TemporalEligibility-v2-candidate` 与 `MaleCNS-OlfactoryEncoder-v1-candidate` 保留。
+稳定信用分配、刺激特异性关联记忆和游戏学习尚未通过。
+
+## 从这里开始
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+| 主题 | 文档 |
+|---|---|
+| 当前状态、验收比例、下一步 | [项目状态](docs/00-overview/status.md) |
+| 目录和数据流 | [架构与目录](docs/00-overview/architecture.md) |
+| 科学数据定义和来源 | [数据契约](docs/10-data/data-contract.md)、[来源登记](docs/10-data/provenance.md) |
+| 模型边界 | [模型与冻结契约](docs/20-model/baseline.md) |
+| 论文、引用与证据用途 | [参考文献入口](references/README.md)、[证据边界](references/evidence-map.md) |
+| 环境与复现 | [环境](docs/30-reproducibility/environment.md)、[恢复](docs/30-reproducibility/restore.md) |
+| Git 同步、大数据备份与安全 | [同步说明](docs/40-operations/git-sync.md)、[备份](docs/40-operations/backup.md) |
+| 每个阶段的原始证据副本 | [阶段索引](registry/catalog-20260929/stages.json) |
+| 全部科学文件路径/大小/SHA-256 | [快照说明](registry/README.md) |
+
+## 关键事实
+
+- 正式输入：`datasets/male-cns-v1.0/processed/neuron-only/`。
+- 166,700 个神经元；25,582,938 条有向边；124,177,617 个原始 synaptic contacts。
+- 原始 connectome、权重、神经递质定义和所有历史冻结阶段保持原位，只读管理。
+- 模型准确名称：**Shiu-like LIF dynamics adapted to MaleCNS v1.0**，不声称严格复现 Shiu 原模型。
+- 无游戏接入验收，无批准的自主行为学习候选；历史探索输出仍保留在服务器。
+
+## Git 与数据不是同一个备份
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+服务器项目根目录：`/data/digital-drosophila/`。
+远程：`ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git`。
+初始化分支：`codex/project-bootstrap`。
+
+Git 保存源代码、配置、文档、书目、阶段证据副本和逐文件哈希清单。
+**Git 不保存原始 SWC/Feather、CSR、完整事件/状态、模型 checkpoint、虚拟环境或大型压缩包。**
+原项目实占约 29.72 GB（十进制、初始化前统计），不会因为初始化 Git 被删除、搬移或重写。
+仅 clone 本仓库不能恢复全数据；按[恢复说明](docs/30-reproducibility/restore.md)配置单独的数据副本。
+
+## 安全的首次检查
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+```bash
+git clone --branch codex/project-bootstrap ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git
+cd digital-drosophila
+python3 -B tools/repo_guard.py
+```
+
+完整数据恢复后才能运行 SHA-256 验证。不要直接执行旧阶段的生成/封存脚本：部分脚本使用固定输出路径，会覆盖历史结果。
+本次仓库建设不重新运行任何科学阶段。
+
+## 权属与引用
+
+见 [NOTICE](NOTICE.md)。第三方数据、软件和论文各自保留其许可证；本仓库没有替用户擅自授予全项目开源许可证。
+论文索引不是论文全文打包；保留 DOI、官方全文入口、版本及证据用途，避免错误再分发。