Publish October 1 runtime progress snapshot and refresh project entry points

README.md

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 面向 MaleCNS v1.0 的可审计连接组、LIF 模型、感觉接口与局部可塑性机制研究。
 **这是研究工程仓库，不是已经实现自主学习或游戏控制的果蝇。**
 
-截至 2026-09-29，最新封存阶段是 **Phase 4Z：COMPLETE-EVENT-RESOLVED-PN-AUDIT**。
+截至 2026-10-01 00:09（Asia/Shanghai），最新封存阶段是 **Phase 4AQ：PASS-EXACT-UPDATED-BOUNDARY-ENGINEERING-NOT-LEARNING**。
+**Phase 4AR 普通嗅觉 acquisition 正在执行，科学结论未判定**：采样时已提交 411/30,000 轮训练及 CPU 校验、62/3,920 次独立 probe；不是实时自动更新计数。
+最新研发分支为 `codex/lif-author-semantics-lab`，远端默认分支仍为初始化分支。本页状态不表示已完成分支合并。
 项目顶层验收口径为 **5/10（50%）**；这不是生物学逼真度、工作量完成率或剩余工期。
 最新正式候选运行时为 `MaleCNS-LIF-runtime-v2-deterministic-candidate`。
 `MaleCNS-TemporalEligibility-v2-candidate` 与 `MaleCNS-OlfactoryEncoder-v1-candidate` 保留。
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 | 主题 | 文档 |
 |---|---|
-| 当前状态、验收比例、下一步 | [项目状态](docs/00-overview/status.md) |
+| 最新运行状态、证据与下一步 | [当前状态](CURRENT.md)、[本次同步说明](docs/progress/repository-sync-20261001.md) |
+| 顶层验收比例与历史基线 | [项目状态](docs/00-overview/status.md) |
 | 目录和数据流 | [架构与目录](docs/00-overview/architecture.md) |
 | 科学数据定义和来源 | [数据契约](docs/10-data/data-contract.md)、[来源登记](docs/10-data/provenance.md) |
 | 模型边界 | [模型与冻结契约](docs/20-model/baseline.md) |
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 服务器项目根目录：`/data/digital-drosophila/`。
 远程：`ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git`。
-初始化分支：`codex/project-bootstrap`。
+初始化／当前远端默认分支：`codex/project-bootstrap`；最新研发分支：`codex/lif-author-semantics-lab`。
 
 Git 保存源代码、配置、文档、书目、阶段证据副本和逐文件哈希清单。
 **Git 不保存原始 SWC/Feather、CSR、完整事件/状态、模型 checkpoint、虚拟环境或大型压缩包。**
@@ -45,7 +48,7 @@ Git 保存源代码、配置、文档、书目、阶段证据副本和逐文件
 ## 安全的首次检查
 
 ```bash
-git clone --branch codex/project-bootstrap ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git
+git clone --branch codex/lif-author-semantics-lab ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git
 cd digital-drosophila
 python3 -B tools/repo_guard.py
 ```