# Digital Drosophila / MaleCNS 全脑模型研究

面向 MaleCNS v1.0 的可审计连接组、LIF 模型、感觉接口与局部可塑性机制研究。
**这是研究工程仓库，不是已经实现自主学习或游戏控制的果蝇。**

截至 2026-10-01 00:09（Asia/Shanghai），最新封存阶段是 **Phase 4AQ：PASS-EXACT-UPDATED-BOUNDARY-ENGINEERING-NOT-LEARNING**。
**Phase 4AR 普通嗅觉 acquisition 正在执行，科学结论未判定**：采样时已提交 411/30,000 轮训练及 CPU 校验、62/3,920 次独立 probe；不是实时自动更新计数。
最新研发分支为 `codex/lif-author-semantics-lab`，远端默认分支仍为初始化分支。本页状态不表示已完成分支合并。
项目顶层验收口径为 **5/10（50%）**；这不是生物学逼真度、工作量完成率或剩余工期。
最新正式候选运行时为 `MaleCNS-LIF-runtime-v2-deterministic-candidate`。
`MaleCNS-TemporalEligibility-v2-candidate` 与 `MaleCNS-OlfactoryEncoder-v1-candidate` 保留。
稳定信用分配、刺激特异性关联记忆和游戏学习尚未通过。

## 从这里开始

| 主题 | 文档 |
|---|---|
| 最新运行状态、证据与下一步 | [当前状态](CURRENT.md)、[本次同步说明](docs/progress/repository-sync-20261001.md) |
| 顶层验收比例与历史基线 | [项目状态](docs/00-overview/status.md) |
| 目录和数据流 | [架构与目录](docs/00-overview/architecture.md) |
| 科学数据定义和来源 | [数据契约](docs/10-data/data-contract.md)、[来源登记](docs/10-data/provenance.md) |
| 模型边界 | [模型与冻结契约](docs/20-model/baseline.md) |
| 论文、引用与证据用途 | [参考文献入口](references/README.md)、[证据边界](references/evidence-map.md) |
| 环境与复现 | [环境](docs/30-reproducibility/environment.md)、[恢复](docs/30-reproducibility/restore.md) |
| Git 同步、大数据备份与安全 | [同步说明](docs/40-operations/git-sync.md)、[备份](docs/40-operations/backup.md) |
| 每个阶段的原始证据副本 | [阶段索引](registry/catalog-20260929/stages.json) |
| 全部科学文件路径/大小/SHA-256 | [快照说明](registry/README.md) |

## 关键事实

- 正式输入：`datasets/male-cns-v1.0/processed/neuron-only/`。
- 166,700 个神经元；25,582,938 条有向边；124,177,617 个原始 synaptic contacts。
- 原始 connectome、权重、神经递质定义和所有历史冻结阶段保持原位，只读管理。
- 模型准确名称：**Shiu-like LIF dynamics adapted to MaleCNS v1.0**，不声称严格复现 Shiu 原模型。
- 无游戏接入验收，无批准的自主行为学习候选；历史探索输出仍保留在服务器。

## Git 与数据不是同一个备份

服务器项目根目录：`/data/digital-drosophila/`。
远程：`ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git`。
初始化／当前远端默认分支：`codex/project-bootstrap`；最新研发分支：`codex/lif-author-semantics-lab`。

Git 保存源代码、配置、文档、书目、阶段证据副本和逐文件哈希清单。
**Git 不保存原始 SWC/Feather、CSR、完整事件/状态、模型 checkpoint、虚拟环境或大型压缩包。**
原项目实占约 29.72 GB（十进制、初始化前统计），不会因为初始化 Git 被删除、搬移或重写。
仅 clone 本仓库不能恢复全数据；按[恢复说明](docs/30-reproducibility/restore.md)配置单独的数据副本。

## 安全的首次检查

```bash
git clone --branch codex/lif-author-semantics-lab ssh://git@192.168.10.31:2222/qishizhe/digital-drosophila.git
cd digital-drosophila
python3 -B tools/repo_guard.py
```

完整数据恢复后才能运行 SHA-256 验证。不要直接执行旧阶段的生成/封存脚本：部分脚本使用固定输出路径，会覆盖历史结果。
本次仓库建设不重新运行任何科学阶段。

## 权属与引用

见 [NOTICE](NOTICE.md)。第三方数据、软件和论文各自保留其许可证；本仓库没有替用户擅自授予全项目开源许可证。
论文索引不是论文全文打包；保留 DOI、官方全文入口、版本及证据用途，避免错误再分发。