# 目录与数据流

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digital-drosophila/
├── README.md / NOTICE.md
├── docs/                 当前导航、科学边界、复现和运维
├── references/           书目、DOI、证据用途、来源元数据
├── registry/             科学文件快照、阶段报告副本、外部版本锁定
├── tools/                只读清单、校验与提交检查工具
├── models/male-cns-lif/  原位保留的各阶段 Python/CUDA/配置/manifest（Git 跟踪）
├── models/learned/       历史探索输出（仅服务器，非正式能力声明）
├── datasets/            原始、处理后、备份（仅服务器）
├── experiments/         各阶段完整事件、状态和审计（仅服务器）
└── backend/frontend/game/logs/recordings/  原目录保留；空目录不由 Git 保存
```

```text
official MaleCNS raw
  → Phase 3B neuron-only / int32 index + uint64 body_id
  → base CSR / raw int64 count（只读）
  → independent sign + effective weight
  → frozen LIF / deterministic-runtime-v2
  → sparse events / states / audit

external physiology + canonical mapping → engineering sensory encoder → BrainIO
independent diagnostic overlays → separate experiments（不替换 base）
```

原目录未改名、未搬移、未整理重写。已有脚本大量使用 `/data/digital-drosophila` 绝对路径，保持这种布局是当前复现前提。
根目录文档是导航层；旧模型 README 可能只描述某个早期阶段，不能单独作为全项目当前状态。

源代码与当前快照一起首次进入 Git，不会伪造过去每一阶段的提交历史。此前版本身份仍来自各阶段原 manifest/SHA-256。